若かりし日に、全共闘の連中がやってきて養老に対して言い放った暴言や、やらかした学問に対する暴力のことは忘れておらず、自身の思想を深めるのに活かしてきた。研究室の助手をしていた頃、当時盛んだった全共闘運動の被害を受けた。研究室がゲバ棒を持ち覆面を被った学生達に押し入られ、「こんな一大事に研究なんかしている場合か」と非難されながら研究室を追い出された経験をして以来、「学問とは何か」「研究とは何か」「大学とは何か」といった問いに対して考え続けており、「私のなかで紛争は終わってない」と述べている。そのような過去の経緯もあって、かつて東大の全共闘議長であった山本義隆の『磁力と重力の発見』が第30回大佛次郎賞を受賞した際に、養老は当時、同賞の選考委員でありながら、著作への授賞に異存はないとしつつも、自らが全共闘運動から受けた影響（全共闘運動により研究室から暴力的に追い出された）などを理由に「（個人的な）背景を含めた選評は拒否するしかない」という強い調子の文章を発表して話題となった。

あれからしみじみ思うのは、いわゆる政治的な動きは、時間がたつとだんだん中立の立場がなくなる。なにをやっても、どっちに有利かで判断される。2つの極が対立しちゃうと。お前のやっていることはこういう意味で相手方に有利だとなると敵と見なされる。だから「中立なんてない」となっちゃう。そこに持ってちゃいけないんですよ。